内子座の内部は本格的な歌舞伎の公演も可能なつくりになっている。人形芝居も興行される本格的な芝居小屋の装置を備えている。舞台中央には回り舞台が設けられていて、迫り上がりもつけられています。舞台の両袖には上座側に義太夫席、下手側には囃子方の席があります。舞台装置を上げ下げするためのロクロと呼ばれるものが、太夫席の陰に天井に向かって作ってあります。
　花道は舞台下手に作られています、その七三のところにはスッポンと呼ばれる切穴があります。内子座には、花道の裾に当たる鳥屋の入り口付近に検番台が置かれていて、警察官が検察のために座っていたようです。

　客席は１階の枡席（平席）とその両側に設けられた桟敷席、および２階の桟敷席、舞台の２階正面に当たる大向こう席があります。上手側の桟敷席（東桟敷）の前には桝形に区切られた本家席というのがありました。本家席と桟敷席の間に幅が５０ｃｍくらいの通路があって、これを仮花道として使うことがあると説明を聞きました。入口には金丸座で見るような鼠木戸（潜り木戸）は特に設けられなかったということです。

　奈落に入ってみますと回り舞台を回転させるための仕掛けが、迫上がりの装置、花道にあがるスッポンの装置を見ることができます。説明によると内子座の奈落は人が立って歩けるような深さがなかったということで、平成６年の改修工事の時に現在見るような奈落に改修されたようです。
　回り舞台の回転も迫りの上げ下げも、スッポンの上げ下げもすべて人力によって行われます。